Em 2035, um incidente conhecido como “The Burst” ocorre em uma instalação de pesquisa japonesa, dando origem à "Matter", que se expande rapidamente, consome e se auto-reproduz. Abrindo caminho pelos restos de represas e instalações militares no Desfiladeiro de Kurobe, a hostil Matter é cercada por forças-tarefa que tentam impedi-la de chegar ao oceano e por mercenários em busca da verdade por trás de sua existência. Aiko Tachibana vive sob constante vigilância médica após ser resgatada da Matéria. Ela passa os dias esperando sua recuperação fazendo aviões de papel. Logo, seu dia a dia na escola é perturbado pela chegada da estudante transferida Yuuya Kanzaki, que passa a apontar uma série de inconsistências em relação ao seu corpo. Por que ela nunca se machuca e por que de repente não precisa mais da cadeira de rodas? Ele afirma que há mais em sua existência do que ela foi levada a acreditar, e que ela é a única que detém a chave para encerrar a Explosão. Com muitas facções agora interessadas em Aiko, ela e Yuuya devem reunir aliados e embarcar em uma peregrinação perigosa ao coração do desfiladeiro infestado antes que a rede possa se fechar ao redor deles. Para escapar da conspiração que se move contra eles, a dupla deve enfrentar a Matéria - um inimigo que flui como água. [Escrito por MAL Rewrite]