Os alunos voltam quando a escola volta às aulas para o segundo semestre. Seguindo suas façanhas na ilha durante as férias de verão, a Classe 3-E continua a afiar suas lâminas com os olhos postos em seu professor, o escorregadio Koro-sensei. Eles têm mais com que se preocupar do que apenas seu professor, no entanto, como assassinos inimigos, antigos e novos, estão atrás de uma recompensa crescente pela cabeça do polvo. Além disso, seus rivais na Classe A, bem como o temível diretor da Kunugigaoka Junior High, estão impedindo a Classe E de alcançar a excelência acadêmica. Com todos esses obstáculos se opondo a eles, o grupo deve continuar a trabalhar junto para superar seus inimigos e cumprir seu objetivo de assassinar com sucesso seu professor. [Escrito por MAL Rewrite]