12.000 anos após os eventos em Gênesis Aquarion, os humanos vivem na estrela Vega sob a ameaça constante de seres trans-dimensionais chamados abdutores. Esses inimigos se originam da estrela irmã de Vega, Altair, e atacam Vega para salvar a vida humana. Como contramedida, uma organização conhecida como Neo-DEAVA foi formada para combater os sequestradores. Eles pilotam trajes mecha avançados chamados Aquaria e são estritamente separados por gênero. Meninos e meninas não podem entrar em contato; eles são até impedidos de lutar no mesmo campo de batalha. No entanto, os eventos tomam um rumo chocante quando um avançado traje de mecha Abdutor entra na briga. Dois adolescentes, Mikono e Amata, são arrastados para o conflito. Sem saber, Amata pratica um tabu ao invocar um Aquário e inicializar o que é chamado de União Proibida entre homens e mulheres Aquários. Neo-DEAVA está chocado e as repercussões das ações de Amata são muito mais abrangentes do que ele imagina. Como ele foi capaz de convocar um Aquaria? Onde ele aprendeu a formar uma União Proibida? E por que Mikono também foi capaz de pilotar o traje mecha?