Depois de retornar dos reinos feudais de Gundalia e Neathia, Danma Kuusou e seus companheiros continuam suas vidas na Terra. Agora, um ano depois, o mundo de realidade virtual de Bakugan Interspace finalmente se recuperou da invasão alienígena e mais uma vez se tornou um lugar para lutadores se reunirem e se desafiarem. Acontece, no entanto, que sempre que o Bakugan de Danma, Pyrus Dragonoid, libera seu poder em batalha, o Interspace experimenta novas interrupções. Incapaz de controlar os incríveis poderes concedidos a ele pelo Code Eve - o espírito da Mãe Bakugan - ele luta para manter o controle sobre o Mechtogan contido dentro dele. Quando fica fora de controle, a misteriosa entidade mecânica causa estragos no campo de batalha, atacando amigos e inimigos. Para piorar as coisas, o Bakugan Interspace corre o risco de ser infiltrado novamente. Um gênio desconhecido está enviando Chaos Bakugan mutante para o sistema, a fim de fazer uma lavagem cerebral nos lutadores e assumir o controle do reino virtual. Em antecipação ao confronto inevitável, Danma deve encontrar uma maneira de manter a força destrutiva do Mechtogan sob controle e reunir os Battle Brawlers mais uma vez. [Escrito por MAL Rewrite]