Desde a morte do homem que se acredita ser o imperador mais perverso da Britannia há um ano, o mundo tem desfrutado de uma paz sem precedentes sob a orientação da Federação das Nações Unidas. No entanto, essa frágil calma é quebrada quando militantes armados sequestram com sucesso a ex-princesa Nunnally vi Britannia e Suzaku Kururugi, o principal conselheiro dos Cavaleiros Negros, desencadeando uma crise internacional. O poderoso e pouco confiável Reino de Zilkhstan é acusado de orquestrar sua captura. Para investigar, as autoridades mundiais enviam Kallen Stadtfeld e seus associados em uma operação secreta no país. Lá, eles encontram a bruxa imortal C.C., que tem a missão de completar a ressurreição do homem responsável pela maior revolução da história - uma lenda que se levantará, assumirá o comando e salvará o mundo do perigo mais uma vez. [Escrito por MAL Rewrite]