Depois que Makoto Naegi e seus companheiros sobreviventes escaparam da Hope's Peak Academy para o mundo além, eles logo se juntaram à Future Foundation, uma organização dedicada a combater o desespero. Quando tudo parecia estar melhorando, Naegi é preso e julgado por traição por defender um grupo malicioso de Remnants of Despair. Diante de todos os executivos da Future Foundation, ele se encontra, junto com Kyouko Kirigiri e Aoi Asahina, enfrentando um destino desconhecido. O problema em questão só aumenta quando a segurança supostamente impenetrável da organização é invadida por um rosto familiar: Monokuma. Para horror de Naegi, o urso mecânico anuncia imediatamente o início de um novo jogo de matar, pois momentos depois, a primeira vítima aparece como um sinal de desespero para retomar sua conquista brutal. Na conclusão do emocionante conto de esperança e desespero de Danganronpa, Naegi, o Aluno de Sorte de nível Super High School, deve mais uma vez desvendar o mistério enquanto seus colegas e amigos começam a cair em torno dele. No entanto, não há mais testes de classe; entre os 16 participantes desesperados, há apenas um assassino - e sua morte significa o fim deste jogo infernal. [Escrito por MAL Rewrite]