Em um futuro próximo, a realidade aumentada se tornou uma parte importante da vida diária. Uma gentil menina do ensino fundamental chamada Yuuko "Yasako" Okonogi e sua família acabaram de se mudar para a cidade de Daikoku, apesar dos rumores de que pessoas estavam desaparecendo. Lá, sua avó, apelidada de "Mega-baa", dirige uma loja chamada Megasia, especializada em ferramentas ilegais que interagem com partes do mundo virtual. Mega-baa também hospeda uma agência de detetives não oficial chamada "Coil", um grupo de crianças em torno da idade de Yasako que encontra e lida com a corrupção no mundo virtual. Yasako se envolve com o grupo quando Fumie Hashimoto, um membro brincalhão de Coil, ajuda a resgatar seu cachorro cibernético Densuke após ficar preso em um espaço virtual enquanto perseguia um vírus misterioso. Também investigando essas corrupções e vírus está um hacker abrasivo chamado Yuuko Amasawa, que os outros chamam de Isako. Coil pode descobrir as verdades por trás dos vírus misteriosos e da corrupção e, se puderem, a que custo? [Escrito por MAL Rewrite]