Shinichi Kudou, um estudante do ensino médio de incrível talento no trabalho de detetive, é conhecido por ter resolvido vários casos desafiadores. Um dia, quando Shinichi avista dois homens suspeitos e decide segui-los, ele inadvertidamente se torna testemunha de uma atividade ilegal perturbadora. Infelizmente, ele é pego em flagrante, então os homens o administram com uma droga experimental formulada por sua organização criminosa, deixando-o para a morte. No entanto, para seu próprio espanto, Shinichi vive para ver outro dia, mas agora no corpo de uma criança de sete anos. Preservando perfeitamente sua inteligência original, ele esconde sua identidade real de todos, incluindo seu amigo de infância Ran Mouri e seu pai, o detetive particular Kogorou Mouri. Para tanto, assume o pseudônimo de Conan Edogawa, inspirado nos escritores de mistério Arthur Conan Doyle e Ranpo Edogawa. O detetive Conan segue Shinichi que, como Conan, começa a resolver secretamente os casos de Mouri sênior nos bastidores com suas habilidades de investigação ainda excepcionais, enquanto secretamente investiga a organização responsável por seu estado atual, na esperança de reverter os efeitos da droga algum dia. [Escrito por MAL Rewrite]