Taichi Yagami e seus amigos mudaram para o ginásio, mas nessa época, eles perderam o contato com seus parceiros Digimon. Taichi fica, portanto, surpreso ao receber de repente uma chamada de socorro convocando-o para o Mundo Digital. Uma vez lá, ele descobre que os Digimon estão vivendo com medo do misterioso Imperador Digimon, que está de alguma forma suprimindo sua habilidade de Digivolve! No mundo real, Hikari Yagami e Takeru Takaishi se reúnem na mesma classe da quinta série. Eles compartilham três colegas de escola: Daisuke Motomiya, que lembra a ambos Taichi; Miyako Inoue, um mago técnico; e Iori Hida, vizinho de Miyako. Quando essas três crianças recebem Digivices "D-3", elas - junto com Hikari e Takeru, que ainda possuem seus próprios Digivices originais - constituem a nova geração de "Crianças Escolhidas" que devem salvar o mundo mais uma vez. Com o poder dos Digi-Ovos blindados, eles devem frustrar os planos do imperador Digimon de espalhar sua influência por todo o mundo digital. [Escrito por MAL Rewrite]