O Mundo Digital está em estado de guerra, com o malvado Exército Bagra tentando coletar fragmentos da Coroa do Código. Quem conseguir coletar todos os 108 fragmentos se tornará o rei do mundo digital. Um grupo maligno de Digimon, conhecido como Exército Bagra, está determinado a colocar as mãos no Code Crown. Digimon Xros Wars apresenta Taiki Kudou, um estudante do ensino médio que adora futebol e sempre se esforça para ajudar os necessitados. Certo dia, quando saiu com seus amigos Akari Hinomoto e Zenjirou Tsurugi, ele ouviu uma voz pedindo ajuda. Investigando a situação, ele encontra um Digimon chamado Shoutmon que foi gravemente ferido em um beco próximo. Usando o poder de um estranho dispositivo chamado Xros Loader, Taiki consegue salvar a vida de Shoutmon, mas é puxado para o Mundo Digital ao lado de Akari e Zenjirou. Determinado a não deixar o malvado Bagra seguir seu caminho, Taiki e seus amigos se juntam a Shoutmon e outros Digimon locais para formar seu próprio exército conhecido como Xros Heart. Agora Xros Heart deve abrir caminho através do Mundo Digital para coletar fragmentos da Coroa do Código e derrotar o Exército Bagra, mas Taiki e seus amigos não são os únicos humanos envolvidos nesta guerra de monstros ...