Através da dobra de longa distância chamada "Projeto Êxodo", Worns, Ryer e os outros membros da tripulação do "Watchers Nest" conseguem escapar da Terra. Misaki, que estava participando da batalha final com "Ghoul" naquela época, não está presente lá e diante de seus olhos, a terra muda e fica fechada por uma barreira de tempo. Ryer e os outros buscam uma maneira de escapar deste labirinto do espaço-tempo, mas a Terra muda para várias formas. Inumerável "Nows" aparecem devido a eixos de tempo variados. E também Misaki, que deveria ter desaparecido por causa do incidente do Projeto Êxodo, ainda fortiori. Antes de Ryer e os outros, diferentes formas de Misaki aparecem. A Misaki da escola de treinamento, a Misaki de seus dias de infância. Essas reflexões são causadas pelos conflitos que existem dentro de Misaki? Ela desperta uma segunda vez e quando deriva a resposta, essa história está levando a uma direção completamente diferente agora. Misaki, Ryer e os outros serão capazes de encontrar um final muito feliz?