Vinte anos antes do início da história, um asteróide em direção à Terra destrói Plutão. Devido à destruição de Plutão, o asteróide, que é apelidado de Thanatos, fica temporariamente estagnado. Agora, para evitar a destruição iminente da Terra, a International Solarsystem Development Agency (ISDA) trabalha no "Projeto D" e cria o "Dragonauta" após encontrar um ovo de dragão no fundo do oceano. O objetivo principal desta arma é destruir o asteróide quando chegar a hora. No entanto, eles logo descobrem que o asteróide não é sua única ameaça, pois criaturas poderosas como dragões, que estão decididas a destruir, aparecem na Terra. Depois de testemunhar o assassinato de uma das criaturas, Jin Kamishina, um garoto solitário de 18 anos que perdeu sua família em um acidente de ônibus espacial há dois anos, se envolve nos mistérios dos dragões e se torna o piloto escolhido do Dragonauta. Toa, uma garota misteriosa que o salva de cair para a morte, está ajudando-o em sua jornada depois que a criatura o ataca. À medida que se aprofundam nos mistérios dos dragões, eles encontram novos amigos e inimigos, e também começam a desenvolver um relacionamento mais próximo. (Fonte: Wikipedia)