Depois de ser atropelado por um caminhão no ano de 2014, Akira Natsume acorda e se encontra dentro de uma máquina após um coma de 16 anos. Enquanto ele se ajusta à nova interface, ele é saudado pelo policial Minami Uezono e sua parceira andróide Alma. A dupla mostra a Akira que seu cérebro está dentro de um dispositivo chamado EX-ARM - uma arma de destruição em massa. A bordo de um navio contrabandista inimigo, os três devem escapar usando nada além de sua engenhosidade e habilidades de combate. Embora inicialmente relutante em lutar, Akira logo se lembra das palavras de seu irmão antes do acidente. A memória o inspira a agir, possuindo o corpo de Alma para lutar contra seus oponentes usando artes marciais. Assim que Alma o conecta a uma das portas do navio, ele descobre o potencial devastador de seu EX-ARM hackeando sem esforço e assumindo o controle do navio. Ao chegar em segurança de volta à terra, Akira se encontra com os outros membros da Equipe de Prevenção de Contramedidas EX-ARM, uma divisão da polícia que trabalha para mitigar os efeitos dos EX-ARMs. Presenciando as atrocidades cometidas por aqueles que buscam o poder dos EX-ARMs, ele resolve se juntar à equipe e acabar com o terror causado por essas armas. [Escrito por MAL Rewrite]