A história se passa em uma ilha, onde um "Sistema Fractale" está começando a entrar em colapso. Um dia, Clain encontra uma garota ferida chamada Friné sob um penhasco. Ela desaparece deixando um pingente. Clain parte em uma jornada com o avatar em forma de menina Nessa para procurar Friné e descobrir o segredo do Sistema Fractale.