Décadas no futuro, a humanidade está sob o cerco de uma raça alienígena conhecida como Novas. Esses seres desumanos deixam a devastação em seu rastro sempre que aparecem, com os esforços para evitá-los tornando-se conhecidos como Nova Clashes. Jovens mulheres conhecidas como "Pandoras" e rapazes conhecidos como "Limitadores" recebem estigmas para dar-lhes poderes sobre-humanos e são treinados em academias militares, onde devem aprender a trabalhar juntos para que a humanidade tenha uma chance de sobreviver. Freezing conta a história de Kazuya Aoi enquanto ele parte para seu primeiro dia na academia militar West Genetics, bem quando uma batalha real está sendo empreendida pelos Pandoras. É aqui que ele confunde Satellizer el Bridget - uma poderosa Pandora conhecida como a "Rainha intocável" - como sua irmã falecida e a abraça. Embora ele lhe custe o fósforo, ela descobre que seu toque não a afasta e decide tomá-lo como seu limitador. A única questão é se sua parceria pode ou não sobreviver às maquinações de seus veteranos e à batalha iminente com os Novos ...