Kanji Sasahara é um calouro introvertido da faculdade apenas procurando um lugar para se encaixar. Um dia, ele topa com o clube conhecido como Sociedade para o Estudo da Cultura Visual Moderna, também conhecido como Genshiken, que serve para trazer todo o espectro da cultura otaku juntos. Sua primeira visita ao clube, no entanto, não termina bem, pois o orgulho de Sasahara é esmagado por seu pai, Harunobu Madarame, e ele deixa a reunião em total negação de sua natureza otaku. No entanto, depois de fazer amizade com o membro do clube Makoto Kousaka, que se revelou um otaku hardcore apesar de sua aparência, Sasahara se envolve mais com as atividades do clube, que incluem ficar obcecado por seu anime favorito, ler doujinshi e comparecer a convenções. Lá, ele conhece outras pessoas interessantes como a namorada veementemente não-otaku de Kousaka, Saki Kasukabe, que se esforça para transformar o namorado em um "cara normal". Enquanto Saki se esforça para entender a cultura otaku e o amor de seu namorado por ela, Sasahara encontra-se aproveitando seu tempo em Genshiken, gradualmente se desfazendo de qualquer negação que já teve sobre ser um otaku e mergulhar em um estilo de vida otaku. [Escrito por MAL Rewrite]