Após o encerramento do caso "Laughing Man", a Seção 9 é restabelecida pelo recém-eleito primeiro-ministro do Japão, Youko Kayabuki, para combater a ameaça persistente de terrorismo cibernético. Um grupo que se autodenomina "The Individual Eleven" começou a cometer atos de terror em todo o Japão. Enquanto Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou e os outros membros da Seção 9 investigam essa nova ameaça, o governo japonês enfrenta uma crise separada, à medida que refugiados estrangeiros deslocados pela Terceira Guerra Mundial buscam asilo no Japão. Mas à medida que os membros da equipe de operações especiais continuamente encontram Gouda Kazundo - um membro líder do Serviço de Inteligência do Gabinete - em sua caçada, eles começam a suspeitar que ele pode estar envolvido, e que os eventos da crise de refugiados e The Individual Eleven podem estar mais conectados do que imaginam ... [Escrito por MAL Rewrite]