Kei Narutani e seu amigo de infância, Song Minghua, são refugiados chineses que fogem de Zai, uma organização misteriosa que aterroriza indiscriminadamente seu país e seu povo. Felizmente, durante sua fuga para o Japão, eles são salvos por uma estranha aeronave vermelha. O fascínio de Kei por esta aeronave o leva a encontrar sua salvadora: uma garota que é uma "Anima" - a piloto de um tipo único de avião chamado "Filha". A garota é conhecida como Gripen, um adorável caça JAS-39F. Kei desenvolve um vínculo com o Gripen e é então recrutada pela Força de Autodefesa do Japão para ajudar o Gripen a superar seus problemas com o vôo. Mais tarde acompanhado por Eagle, um despreocupado F-15J-ANM, e Phantom, um orgulhoso RF-4EJ-ANM, o esquadrão pega em armas, determinado a proteger a humanidade. Juntos, os cinco indivíduos lutam contra o invasor Zai, formando a última linha de defesa contra a força alienígena ameaçadora. [Escrito por MAL Rewrite]