Aventurando-se no deserto, o cético Ryouta Murakami e o ambicioso Kuroneko estavam em uma missão para provar a existência de vida extraterrestre quando um trágico acidente ocorreu, colhendo Kuroneko de sua vida e deixando Ryouta em um estado gravemente ferido. Dez anos se passaram desde o desastre, e Ryouta agora está levando uma vida normal no ensino médio. Ele jura provar que os alienígenas são reais em homenagem a seu falecido amigo. Um estudante transferido chamado Neko Kuroha chega inesperadamente um dia, tendo uma notável semelhança com o falecido Kuroneko - até mesmo compartilhando um nome semelhante. Mais misteriosamente, ela parece possuir poderes sobrenaturais. À medida que Ryouta se interessa mais por Neko, ele é atraído para um mundo mortal onde cientistas perigosos caçam bruxas com magia e que escaparam de seu laboratório de pesquisa secreto. Neko é um desses fugitivos, mas há muitos outros que estão em situações semelhantes, e Ryouta deve protegê-los de seus possíveis captores. [Escrito por MAL Rewrite]