Kanenone Gakuen é um internato totalmente masculino localizado no interior do Japão. Embora uma escola só para homens não seja nenhuma novidade, a vida pode se tornar bastante difícil quando não há alunas em um raio de quilômetros. Para ajudar a saúde psicológica de todos os envolvidos, o conselho escolar decidiu tentar se fundir com o internato feminino mais próximo para se tornar mista. Os meninos de Kanenone estão mais do que entusiasmados com a perspectiva, e as meninas estão curiosas para saber como a vida escolar poderia se tornar interessante se houvesse mais meninos por perto. Antes de qualquer decisão séria ser tomada, as meninas foram convidadas a ficar em Kanenone por um mês como teste. Green Green segue Yuusuke Takazaki e seus companheiros de quarto travessos chamados Baka (Idiot) Trio, e sua habilidade de falar com as garotas sem se fazerem de idiotas completos. Mas assim que o ônibus escolar com as meninas chega, as coisas ficam estranhas, hormonais e histéricas. Em particular, uma garota chamada Midori Chitose salta do ônibus e imediatamente abraça um Yuusuke muito confuso. Ele é um mulherengo nato, ou os dois têm uma história em comum da qual ele não conhece?