Nascido de um casulo na vila de Old Home, um jovem Haibane - um ser com uma auréola e pequenas asas cinzentas - desperta para um mundo que ela não entende sem memórias de seu passado. Chamada de Rakka pelo sonho de cair que teve enquanto estava dentro do casulo, ela logo se acostuma com a vida na cidade estranha. No entanto, existem regras rígidas para os Haibane, como a proibição de sair da aldeia ou de se aproximar dos muros que a cercam. Isso, junto com desaparecimentos misteriosos de sua espécie em seu "Dia do Voo", começam a perturbar Rakka e os outros, já que eles não sabem quase nada sobre sua própria espécie. Haibane Renmei conta não apenas a história de Rakka, mas também daqueles ao seu redor, enquanto eles vivem suas vidas sem memórias do passado enquanto tentam se libertar de sua dor anterior e, finalmente, encontrar a salvação. [Escrito por MAL Rewrite]