Mahiro Yasaka é apenas um estudante normal do ensino médio, até que um dia ele é repentinamente atacado por um monstro perigoso. Quando tudo parecia perdido, ele é salvo por uma garota de cabelos prateados chamada Nyaruko, que afirma ser a divindade que muda de forma Nyarlathotep do autor de terror H. P. Lovecraft, Cthulhu Mythos, enviada pela Agência de Defesa Espacial para a Terra. Ela explica a Mahiro que a criatura que o perseguia era um alienígena chamado Nightgaunt, que planejava sequestrá-lo e vendê-lo como escravo. Depois de resgatá-lo do alienígena, a divindade Lovecraftiana se apaixona perdidamente por Mahiro e se força a entrar em sua casa, para seu desgosto. Além disso, eles logo se juntam a outros dois do universo ficcional: Cthuko, uma garota obcecada por Nyaruko, e Hasuta, um garoto facilmente confundido com uma bela mulher. Juntos, os três extraterrestres excêntricos protegem Mahiro dos vários perigos extraterrestres que ameaçam o seu bem-estar e o da Terra, fazendo de sua vida um inferno. [Escrito por MAL Rewrite]