Os gêmeos meio-demônios Towa e Setsuna sempre estiveram juntos, vivendo felizes no Japão Feudal. Mas seus dias alegres chegam ao fim quando um incêndio na floresta os separa e Towa é lançado através de um portal para o Japão moderno. Lá, ela é encontrada por Souta Higurashi, que a cria como sua filha após Towa se ver incapaz de retornar ao seu tempo. Dez anos depois, Towa, de 14 anos, é uma estudante relativamente bem ajustada, apesar de sempre se envolver em brigas. No entanto, um problema inesperado chega à sua porta na forma de três visitantes do Japão Feudal; Moroha, um caçador de recompensas; Setsuna, uma caçadora de demônios e irmã gêmea há muito perdida de Towa; e a Senhora Três-Olhos, um demônio em busca de um objeto místico. Trabalhando juntas, as garotas derrotam seu inimigo, mas no processo, Towa descobre para seu horror que Setsuna não tem nenhuma memória dela. Hanyou no Yashahime: Sengoku Otogizoushi segue as três garotas enquanto elas se esforçam para remediar a perda de memória de Setsuna, bem como descobrir a verdade sobre seus destinos interligados. [Escrito por MAL Rewrite]