Enquanto outras escolas no Japão competem pelo título de melhor time de futebol do país, o clube de futebol da Raimon Middle School, Inazuma Eleven, luta para se erguer à beira de ser dissolvido. O neto do goleiro da primeira geração do Inazuma Eleven e capitão do time, Mamoru Endou, assume o desafio de chutar o clube há muito negligenciado de volta à forma. Para fazer isso, ele vai precisar de um pouco de ajuda e mais do que um pouco de sorte. Mamoru Endou encontra esperança nas mãos de Shuuya Gouenji, um jovem jogador brilhante que desistiu do futebol. Mamoru está determinado a fazer com que Shuuya e outros novos recrutas se juntem à sua equipe, custe o que custar. Sua paixão e determinação são suficientes para tratar o clube doente? Ou não há mais esperança para a equipe?