Tenma Matsukaze é uma nova aluna da Raimon Junior High. Devido ao seu amor pelo futebol, ele decide entrar para o time de futebol da escola, que ganhou fama após o incrível desempenho apresentado dez anos antes no Football Frontier International, torneio que recebe os melhores times juvenis que o mundo tem a oferecer. Infelizmente, a escola que já foi renomada não tem o espírito futebolístico de antes. Isso se deve principalmente ao fato de que o futebol no Japão agora é controlado por uma entidade sombria conhecida como "Quinto Setor". Eles sozinhos decidem o destino de cada partida, instruindo as equipes a ganhar ou perder. As ações do Quinto Setor têm derrotado os times de futebol do país, que não têm mais paixão pelo esporte. Tenma e seus companheiros vão tentar mudar esse paradigma e lutar contra seus opressores do mal. Felizmente, eles não estarão sozinhos nesta batalha, pois terão a ajuda de um grupo conhecido como "Resistência". Torça pelos meninos de Inazuma Eleven Go enquanto eles lutam pelo bom combate!