Inazuma Eleven Go: Chrono Stone se passa após o Holy Road Soccer Tournament. O herói do momento, Tenma Matsukaze, viajou por todo o Japão para ensinar futebol para crianças. Ele retorna à Raimon Junior High School depois de completar sua missão, mas para sua surpresa, não é mais a mesma Raimon Junior High que ele lembra. O clube de futebol é inexistente, e os membros da equipe campeã do Torneio de Futebol da Estrada Sagrada não se lembram de ter participado do torneio. Eles não se lembram de Tenma nem do jogo de futebol que adoravam. Como Tenma está perplexo com essa reviravolta, Alpha, o líder dos Agentes de Rota e capitão da equipe do Protocolo Omega, de repente aparece diante dele. Alpha declara que ele e sua equipe são responsáveis por acabar com a paixão pelo futebol em Raimon junto com as memórias dos membros do clube de futebol: e o próprio Tenma é o próximo. É quando um garoto estranho chamado Fei Rune aparece bem a tempo de salvá-lo. Quem é Fei e por que Alpha quer eliminar o futebol para sempre? Tenma sabe que precisa fazer tudo ao seu alcance para sair vitorioso. É uma batalha que pode selar o destino do futebol para sempre.