Misaki Takahashi é um estudante normal do ensino médio que está se preparando para o vestibular. Para diminuir o estresse dos estudos, ou assim ele espera, aceita a ajuda do melhor amigo de seu irmão mais velho e famoso autor, Akihiko Usami. No entanto, Masaki está prestes a descobrir que os livros de Usami são de um gênero muito perverso, e que pode haver algo perverso acordando dentro de Masaki também. Junjou Romantica também segue a história de dois outros casais vagamente ligados a "Romantica" de Masaki e Usami. Egoist mostra a relação muito apaixonada, mas muitas vezes complicada, entre o professor universitário Hiroki Kamijou (cuja vida atingiu o ponto mais baixo) e o pediatra Nowaki Kusama, que se apaixona por Hiroki à primeira vista e faria qualquer coisa para deixá-lo feliz. A terceira história, "Terrorista", mostra como o amor pode se tornar obsessivo quando o rico Shinobu Takatsuki, de 18 anos, finalmente descobre algo que não pode ter tão facilmente - o professor de literatura You Miyagi. Há paixão em abundância enquanto esses três casais tentam alcançar seus objetivos na vida ao mesmo tempo em que caem em tentação e angústia com seus parceiros.