Kannazuki no Miko começa na aldeia de Mahoroba, onde o tempo passa devagar para o homem e para a natureza. Dois alunos da prestigiosa Ototachibana Academy da vila podem muito bem estar noite e dia. Himeko é tímido e pouco assertivo, enquanto Chikane é ousado e elegante. Apesar disso, eles se amam e nada pode se interpor entre eles, não importa o quanto tentem. No aniversário compartilhado das duas meninas, uma voz sinistra corrompe um de seus amigos para atacá-los, e quando parecia mais sombrio, os poderes das sacerdotisas lunares e solares que estavam adormecidos nas duas meninas despertam, dissipando o mal. Esse foi apenas o primeiro obstáculo, no entanto. Os dois agora devem se defender dos incontáveis outros que ameaçariam seu bem-estar - até mesmo as pessoas mais próximas a eles!