Após o assassinato de seu pai, Ryuuko Matoi tem vagado pela terra em busca de seu assassino. Seguindo sua única pista - a metade que faltava em sua invenção, a lâmina da tesoura - ela chega à prestigiosa Honnouji Academy, uma escola de ensino médio diferente de qualquer outra. A academia é governada pelo imponente e frio presidente do conselho estudantil, Satsuki Kiryuuin, ao lado de seus poderosos subordinados, a Elite Four. Na hierarquia brutalmente competitiva da escola, Satsuki concede àqueles que estão no topo roupas especiais chamadas "Uniformes Goku", que concedem ao usuário habilidades sobre-humanas únicas. Totalmente derrotado em uma luta contra um dos alunos em uniforme, Ryuuko recua para sua casa arrasada, onde ela tropeça em Senketsu, um raro e sensível "Kamui", ou Roupa de Deus. Depois de entrar em contato com o sangue de Ryuuko, Senketsu desperta, agarrando-se a ela e fornecendo-lhe imenso poder. Agora, armada com Senketsu e a lâmina de tesoura, Ryuuko faz uma resistência contra a Elite Four, na esperança de alcançar Satsuki e descobrir o culpado por trás do assassinato de seu pai de uma vez por todas. [Escrito por MAL Rewrite]