Haruto Kirishima viveu uma vida tranquila no campo, longe da vida agitada da cidade. Então Yuzuki Eba apareceu em sua vida do nada, vindo de Tóquio para morar brevemente com sua família. O tempo que passaram juntos o deixou apaixonado pelas memórias daquele curto período antes que ela desaparecesse abruptamente de sua vida, e o deixasse cheio de perguntas. Kimi no Iru Machi começa algum tempo depois, depois que Haruto se muda para Tóquio para morar com sua irmã, a fim de seguir a carreira de cozinheiro. Na verdade, ele deseja estar com Yuzuki. Mas as coisas não começam bem. Quando chega, é confundido com um ladrão e atacado pela vizinha de sua irmã, Mishima Asuka. Depois que o mal-entendido é esclarecido, seus sentimentos começam a vacilar. Eba, que continua evitando-o sem motivo aparente, é o único para ele ou é Asuka?