O ano é 2045 e a inteligência artificial passou por um tremendo desenvolvimento. Os governos os usam como armas, engajando-se em guerras sem fim para sustentar suas economias. O grupo mercenário GHOST, liderado pelo Major Motoko Kusanagi, não é estranho a esta paisagem. No entanto, a rápida inovação dessa tecnologia faz com que uma nova ameaça surja no horizonte. Tendo deixado a Seção 9 de Segurança Pública, Kusanagi e seu grupo estão envolvidos em muitas operações em todo o mundo relacionadas a essas guerras por procuração. Mas um trabalho aparentemente simples de localizar um traficante de armas arrasta o GHOST para um conflito oculto contra indivíduos ciberneticamente aprimorados, que inexplicavelmente ganharam inteligência extrema e habilidades físicas. Apelidado de "pós-humanos", seu surgimento desencadeia uma cadeia de eventos que levam à reunião da Seção 9. Armada com uma nova missão, cabe a Kusanagi e sua equipe restabelecida evitar o caos global nas mãos desses pós-humanos . [Escrito por MAL Rewrite]