Anos atrás, a humanidade quase foi exterminada por enormes insetos blindados mágicos que se tornaram muito fortes e agressivos para lidar. Por causa desses insetos gigantes, os humanos não vivem mais na terra, mas em cidades flutuantes. No entanto, isso não significa que tudo está perdido, porque os magos de prestigiadas academias de bruxos flutuantes estão lutando contra esses monstros. Kanata Age é um jovem agora rotulado como um traidor, embora já tenha sido elogiado como o "Mestre Espadachim Negro". Ele tem a chance de consertar sua reputação instruindo a equipe E601, que parece estar enfrentando algumas dificuldades. É composto por três meninas, Misora Whitale, Lecty Eisenach e Rico Flamel, cada uma com seus próprios problemas. Parece que Kanata entrará em águas profundas mais de uma vez por causa deles ...