Quando criança, Riki Naoe se isolou do mundo, graças a um diagnóstico de narcolepsia após a trágica morte de seus pais. No entanto, Riki é salvo quando, em um dia fatídico, um menino chamado Kyousuke o recruta para uma equipe que se autodenomina os Pequenos Busters. Acompanhado por Masato, Kengo e Rin, esses desajustados passam a infância lutando contra o mal e desfrutando da juventude. Os anos passam e, mesmo no ensino médio, os companheiros de equipe bem unidos permanecem juntos. Kyousuke decide reacender os Little Busters formando um time de beisebol, pois será seu último ano escolar com eles. Eles têm um problema: não há membros suficientes! A situação mudou, pois agora é a vez de Riki estender a mão e recrutar novos amigos para os Little Busters, assim como Kyousuke fez uma vez por ele. Então, um presságio vem à tona - Rin encontra uma estranha carta anexada a seu gato, atribuindo a eles a tarefa de descobrir o "segredo deste mundo" completando tarefas específicas. O que é esse segredo e por que está sendo escondido? Cabe aos Little Busters descobrir! [Escrito por MAL Rewrite]