O amor é incomum para Koizumi Risa e Ootani Atsushi, que estão se esforçando para encontrar seu parceiro ideal na escola - Koizumi de 172 cm de altura é muito mais alto do que a média das garotas, e Ootani é muito mais baixo do que o cara médio, com 156 cm. Para aumentar suas dificuldades, suas paixões se apaixonam, deixando Koizumi e Ootani comicamente perturbados e com o coração partido. Para piorar a situação, eles são rotulados como uma dupla de comédia por seu professor de sala de aula devido a suas personalidades e a grande diferença em suas alturas, e seus colegas de classe até pensam em seus argumentos como esboços. Lovely ★ Complex segue Koizumi e Ootani enquanto eles encorajam um ao outro a encontrar o amor e se tornarem amigos íntimos. Além de suas travessuras ridículas, eles logo descobrem uma semelhança inesperada em seus gostos musicais e de moda. Talvez eles possuam uma química ainda desconhecida, mas poderia o amor florescer entre o par incompatível? [Escrito por MAL Rewrite]