Depois que uma misteriosa nave espacial cai na Terra, a humanidade percebe que não está sozinha. Temendo uma ameaça potencial do espaço, o mundo deixa de lado seu nacionalismo, interesses conflitantes e diferenças culturais, unificando-se sob a bandeira das Nações Unidas. As recém-formadas forças da ONU decidem redirecionar a espaçonave alienígena, nomeando-a SDF-1 Macross. Infelizmente, no dia de sua viagem inaugural, uma frota de naves espaciais pertencentes a uma raça de alienígenas conhecida como Zentradi desce sobre a Terra, e o SDF-1 Macross, agindo por conta própria, derruba o esquadrão que se aproxima, provocando uma guerra intergaláctica. Em uma tentativa de escapar, o Macross tenta se lançar na órbita da Lua, mas a nave – assim como a cidade em que estava – é teletransportada para os confins do espaço. Apanhados nesta confusão estão Hikaru Ichijou, um piloto acrobático de espírito livre, e Minmay Lynn, um aspirante a cantor. Esses dois, ao lado da tripulação de Macross, experimentam uma jornada épica repleta de dor e drama, enfrentando as crueldades da guerra ao longo do caminho.