Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki e Fuu Hououji são estranhos reunidos pelo destino quando se encontram durante uma viagem de campo aparentemente normal à Torre de Tóquio. Acompanhados por um grande flash de luz, eles ouvem o pedido de uma mulher misteriosa para salvar "Cephiro", e as heroínas do ensino médio são subitamente varridas por um peixe voador gigante. Depois, eles chegam em uma terra desconhecida, onde encontram um homem chamado Master Mage Clef. Clef informa às meninas que elas foram convocadas pela Princesa Emeraude para cumprir seus destinos como Cavaleiros Mágicos, restaurando a paz e o equilíbrio em Cephiro. A terra anteriormente animada e pacífica está em desordem desde que o Sumo Sacerdote Zagato aprisionou a princesa, que atuou como pilar de estabilidade de Cephiro. Os Cavaleiros Mágicos aceitam relutantemente as palavras de Clef como verdade e embarcam em uma jornada para salvar Cephiro das garras do mal. [Escrito por MAL Rewrite]