Pouco tempo se passou desde o confronto final dos Cavaleiros Mágicos com o "Mashin" da Princesa Emeraude. Ainda assombrado pela morte da princesa, Hikaru Shidou retorna à Torre de Tóquio. Lá, ela conhece seus amigos Umi Ryuuzaki e Fuu Hououji pela primeira vez desde sua busca espontânea para salvar Cephiro. Atormentada por pesadelos do reino que ela havia deixado para trás, Hikaru fica aliviada ao descobrir que seus companheiros também querem retornar e servir ao reino que antes protegiam com tanto zelo. O desejo dos Cavaleiros Mágicos é atendido, pois no topo da Torre de Tóquio, os três estão cegos pela mesma grande luz que viram no dia em que se conheceram. Mais uma vez nas costas de um peixe voador, o grupo retorna a Cephiro - um mundo agora desolado e em ruínas. Com o colapso do poder do Pilar, monstros vagam livremente pela terra enquanto três nações procuram anexar Cephiro com a esperança de tomar o Pilar para si. Para complicar ainda mais as coisas está a misteriosa Lady Debonair, que se proclama a legítima herdeira do país caído. Agora enfrentando riscos mais graves e inimigos radicalmente diferentes, os três Cavaleiros Mágicos partem mais uma vez para salvar Cephiro e trazer a paz. Com os laços que formaram juntos, o trio está unido diante de um desafio tão grande. [Escrito por MAL Rewrite]