O mundo como o conhecemos é, na verdade, apenas metade da história, como Takeshi Nanase descobriu abruptamente em uma manhã de verão. No caminho para a prática de kendo, Takeshi se depara com uma garota inconsciente com um uniforme que ele não reconhece. Takeshi faz a coisa certa e a salva, e em troca a garota acorda e acidentalmente o transforma em um usuário de magia. Como Takeshi descobre, existe o mundo em que ele vive e o mundo dos usuários de magia. A maioria dos usuários de magia deseja apenas coexistir pacificamente com não-magos, mas existem alguns com ambições maiores. Mui Aiba é um mago matriculado na Subaru Magic Academy, onde usuários de magia podem aprender a controlar e canalizar seus poderes e como viver em paz com humanos normais. Depois de seu encontro fatídico com Mui, Takeshi e seus amigos recém-mágicos Kurumi Isoshima e Kazumi Ida decidem se inscrever na Academia de Magia também. Todos os três amigos têm motivos diferentes para continuar lutando, seja para escapar do passado ou para alcançar o futuro. Eles exercem diferentes tipos de poderes, que devem aprender a dominar a fim de lutar contra os Ghost Trailers, um grupo de magos que estão dispostos a usar a violência para afirmar sua superioridade sobre os humanos. Perseguido pelos Trailers Fantasmas, Takeshi e seus amigos devem treinar para se tornarem mais fortes, enfrentar o líder dos Trailers e evitar o início da Segunda Grande Guerra Mágica.