Todos os dias, Aya Asagiri pensa em se matar. Ela é intimidada implacavelmente na escola e, em casa, seu irmão mais velho, Kaname, a abusa fisicamente para aliviar o estresse acadêmico imposto por seu pai. Uma noite, enquanto ela fica acordada desejando a morte, um misterioso site chamado Magical Girl Site aparece em seu laptop, prometendo dar a ela poderes mágicos. No início, ela descarta isso como uma brincadeira assustadora, mas quando ela encontra uma arma mágica em seu armário de sapatos no dia seguinte, ela não sabe em que acreditar. Decidindo levá-lo com ela, ela logo se depara com seus valentões mais uma vez. Mas desta vez, desesperada por qualquer coisa para salvá-la, ela usa a arma - e seus agressores são transportados para um cruzamento ferroviário próximo, onde são atropelados. A consciência de Aya é incapaz de lidar com o fato de que ela matou dois de seus colegas com magia, e ela tenta desesperadamente entender a situação. No entanto, quando ela se encontra em apuros novamente, ela é salva por Tsuyuno Yatsumura, um colega de classe que pode usar magia para parar o tempo. Essa dupla tem muito a fazer: não apenas eles têm que lutar ao lado e contra outras garotas mágicas, mas também precisam descobrir a verdade por trás do site e do evento apocalíptico conhecido como "A Tempestade" que está para ocorrer em breve. [Escrito por MAL Rewrite]