Já se passou um século desde que a "verdadeira magia" - inicialmente considerada apenas folclore e lenda - se tornou uma tecnologia comum em todo o mundo. A Escola de Ensino Médio Afiliada da First National Magic University (First High), uma das nove academias de mágica no Japão, admite dois irmãos habilidosos - Miyuki e Tatsuya Shiba - na academia. A First High divide seus alunos em dois grupos, Curso 1 e Curso 2, com base nas notas do exame de admissão. Isso causa um aparente desdém para os alunos do Curso 2, pois eles são rotulados de "Ervas daninhas" pelos alunos do Curso 1, que alternativamente se autodenominam "Flores". Tatsuya é admitido no Curso 2, enquanto sua irmã Miyuki entra no Curso 1 como estudante de honra. Miyuki deseja mostrar à First High que, apesar de seu irmão ser rotulado de inepto, ele está entre os melhores mágicos do mundo inteiro. Mahouka Koukou no Yuutousei reconta a história de Mahouka Koukou no Rettousei do ponto de vista de Miyuki e de outras personagens femininas. [Escrito por MAL Rewrite]