Em busca do amor verdadeiro, Kanako Miyamae se transfere para a escola católica Ame no Kisaki, inspirada em como seus pais se apaixonaram lá. Porém, há apenas uma diferença: como os homens fazem Kanako ter urticária, ela realmente veio para a escola só para meninas para encontrar um parceiro do mesmo sexo. Quando ela conhece a bela Mariya Shidou, Kanako acredita que ela encontrou aquela pessoa especial; no entanto, há mais em Mariya do que aparenta - acontece que o primeiro amor de Kanako é na verdade um menino travesti. Mariya ameaça expor as intenções impuras de Kanako, a menos que ela mantenha seu gênero real em segredo e, para piorar as coisas, ele também substitui seu colega de quarto original para que agora possa ficar de olho nela. Maria † Holic segue Kanako enquanto ela procura o amor em todos os lugares errados e procura a garota dos seus sonhos - isto é, se ela conseguir sobreviver como colega de quarto de Mariya! [Escrito por MAL Rewrite]