No ano da Era Cósmica de 0071, uma briga de guerra entre dois mobile suit resulta na destruição de um país neutro. Shinn Asuka encontra sua família inteira morta como vítimas da violência, e jura sua vida em uma busca vingativa das forças naturais da Terra, sob a impressão de que foram eles os responsáveis pela morte de sua família. Shinn trabalha seu caminho através das forças militares ZAFT, eventualmente ganhando acesso à cabine do protótipo do macacão móvel Impulse. Athrun Zala, um veterano da guerra recente empregado a serviço do diplomata Cagalli Yula Athha, se vê envolvido em um novo conflito entre os Naturais e os Coordenadores: seres humanos artificialmente aprimorados antes do nascimento e odiados pelos Naturais por suas vantagens biológicas. À medida que a nova guerra surge e a violência se torna inevitável, Athrun se torna um mentor do amargo Shinn. Athrun deve conduzir o jovem piloto a uma mentalidade de misericórdia antes que sua raiva e desejo de vingança o consuma. [Escrito por MAL Rewrite]