No ano da Era Cósmica 0071, a colônia espacial Heliópolis permanece neutra na grande guerra que assola a galáxia entre Coordenadores, seres humanos cujas características biológicas foram alteradas antes do nascimento, e Naturais, pessoas inalteradas que permanecem no planeta Terra. O ódio profundo dos Naturais pelos Coordenadores levou os seres avançados ao espaço, em busca de abrigo em colônias feitas pelo homem. Kira Yamato é um coordenador e estudante universitário em Heliópolis, quando sua vida é jogada em desordem quando ZAFT, a organização militar composta por coordenadores rebeldes, ataca a colônia em um esforço para roubar um conjunto de cinco móveis militares de última geração fatos conhecidos como Gundams. Enquanto ZAFT consegue fugir com quatro dos mobile suit, Kira assume o controle do Gundam final, o Strike. Sobrevivendo à batalha, Kira e seus amigos da faculdade se juntam à tripulação do Archangel, uma nave comandada pela Aliança Terrestre, e os jovens soldados experimentam os horrores da guerra e a perda que vem com ela. [Escrito por MAL Rewrite]