No ano 0096 do Século Universal, uma paz frágil emerge das cinzas do conflito. Banagher Links, estudante de dezesseis anos, visita a colônia espacial Industrial 7 em uma excursão escolar, mas por causa de um ônibus espacial quebrado, ele fica completamente perdido. Para Banagher, que sempre viveu uma vida normal, a guerra sempre foi uma parte distante, quase mítica da história; mas em minutos, a fantasia se torna realidade quando ele resgata uma garota chamada Audrey Burne, que precisa urgentemente se encontrar com o líder da Fundação Vist, Cardeas Vist. Ela espera persuadi-lo a reter a "Caixa de Laplace", um objeto que tem o potencial de destruir o mundo. A história é posta em movimento à medida que as forças galácticas convergem para a Industrial 7, cada uma disputando a posse da Caixa de Laplace. Enquanto os restos de Neo Zeon se chocam com as Forças da Federação da Terra ao redor da colônia, Cardeas, em seus momentos finais, dá a Banagher a chave da caixa, um mobile suit apelidado de "The Unicorn Gundam". Repleto de ação explosiva e tensão crescente, Mobile Suit Gundam Unicorn RE: 0096 segue Banagher enquanto sua convicção é testada e o destino que permaneceu adormecido por mais de um século é finalmente realizado. [Escrito por MAL Rewrite]