No Japão Feudal, o povo de Edo está sitiado por insetos gigantes que devastam a terra. As pessoas imploram desesperadamente ao governo que faça algo a respeito. Assim, o Insect Magistrate Office é estabelecido, reunindo fortes guerreiros para se defender contra o aparecimento de pragas. Mushibugyou segue Jinbee Tsukishima, um jovem que se esforça para ser um mestre espadachim como seu pai. Para expiar um incidente horrível que ocorreu por sua culpa, Jinbee procura tomar o lugar de seu pai como um membro do Escritório do Magistrado de Insetos. Em sua jornada para lá, ele conhece a adorável Haru, uma jovem que ajuda a administrar a casa de chá de sua família e é forçada a usar sua espada para salvá-la de um destino terrível. Esse ato de bravura que lhe rendeu uma vaga no Magistrado dos Insetos. Será que este exterminador novato será capaz de livrar a terra da horda de insetos que enxameiam?