Yuka, Rinko, Saki e Natsumi são amigos de infância e colegas de classe se aproximando do final do segundo ano do ensino médio e aguardando ansiosamente as férias de verão. Infelizmente, é um momento agridoce para este grupo unido, já que Saki está se transferindo para outra escola. As meninas estão decididas a manter vivo o espírito de amizade, mesmo que seja apenas neste verão. Eles se lembram de uma grande pedra que os quatro costumavam visitar, escondida em um antigo santuário xintoísta, e da crença de que, se quatro amigos se reunissem ao redor e fizessem um único desejo, ele se tornaria realidade. Agora, para sua surpresa, eles descobrem que o antigo conto popular é verdade. Natsu-iro Kiseki segue os eventos mágicos pelos quais as meninas passam durante o último verão que passarão todas juntas. Conforme as amizades são testadas e as fantasias são realizadas, os quatro colegas vão acabar aprendendo muito sobre si mesmos e uns aos outros no caminho para forjar um verão que nunca esquecerão.