Quinze anos após um evento cataclísmico conhecido como Segundo Impacto, o mundo enfrenta uma nova ameaça: seres celestiais monstruosos chamados "Anjos" invadem Tóquio-3 um por um. A humanidade é incapaz de se defender dos Anjos, apesar de utilizar suas munições e táticas militares mais avançadas. A única esperança de salvação humana está nas mãos da NERV, uma misteriosa organização liderada pelo frio Gendou Ikari. A NERV opera robôs humanóides gigantes chamados de "Evangelions" para combater os Anjos com armamento avançado de última geração e barreiras de proteção conhecidas como Campos do Terror Absoluto. Anos depois de ser abandonado por seu pai, Shinji Ikari, filho de 14 anos de Gendou, retorna a Tokyo-3. Shinji passa por uma batalha interna perpétua contra o trauma profundamente enterrado causado pela perda de sua mãe e a negligência emocional que sofreu nas mãos de seu pai. Aterrorizado por se abrir para outra pessoa, a vida de Shinji mudou para sempre ao conhecer Misato Katsuragi, de 29 anos, um oficial de alto escalão da NERV que mostra a ele uma bondade maternal de espírito livre que ele nunca experimentou. Um devastador ataque de Angel força Shinji a entrar em ação enquanto Gendou revela seu verdadeiro motivo para convidar seu filho de volta a Tokyo-3: Shinji é a única criança capaz de pilotar com eficiência o Evangelion Unit-01, um novo robô que se sincroniza com sua biometria. Apesar do trauma psicológico brutal causado por pilotar um Evangelion, Shinji defende Tokyo-3 contra a ameaça angelical, alheio às maquinações sombrias de seu pai. [Escrito por MAL Rewrite]