Shinji Ikari fica emocionalmente em coma após a morte de um querido amigo. Com seu filho mentalmente incapaz de pilotar o robô humanóide Evangelion Unit-01, o NERV de Gendou Ikari corre contra a organização das sombras SEELE para ver quem pode colocar em prática seu plano final primeiro. SEELE deseja criar um ser divino fundindo suas próprias almas em uma unidade Evangelion, enquanto Gendou deseja reverter toda a humanidade em um ser primordial para que ele possa se reunir com Yui, sua falecida esposa. SEELE desencadeia suas forças militares em uma invasão letal do quartel-general da NERV. Enquanto as forças da SEELE eliminavam os cientistas e o pessoal de segurança da NERV, Asuka Langley Souryuu pilota a Unidade-02 da Evangelion em uma última luta desesperada contra o armamento mais pesado da SEELE. A batalha continua, e um Shinji deprimido se esconde nas profundezas do quartel-general da NERV. Com o destino do mundo nas mãos de Shinji, o Capitão Misato Katsuragi caça o adolescente enquanto a sociedade desmorona ao redor deles. [Escrito por MAL Rewrite]