Após a morte de seus pais, Yuuto Amakawa vive uma vida bastante comum na cidade. O único problema com o qual ele precisa se preocupar ao frequentar a escola ao lado de Rinko, seu vizinho do lado, é sua alergia a gatos. Tudo isso muda em seu décimo sexto aniversário, quando um Ayakashi - uma criatura sobrenatural - o ataca pelos pecados de seus ancestrais. Felizmente, ele é salvo por Himari, uma misteriosa mulher-gato com uma espada, que explica que Yuuto é o descendente de uma família de matadores de demônios, e ela está lá para protegê-lo agora que o encanto que o manteve escondido do sobrenatural forças do mundo perdeu seu poder. Omamori Himari narra as relações de Yuuto com as várias forças do mundo sobrenatural, bem como o número crescente de mulheres que aparecem em sua porta, cada uma com seus próprios desejos sombrios. Yuuto será capaz de se ajustar ao seu novo ambiente "emocionante"? Ou será que o fantasma de seu passado (ancestral) o alcançará?