Ren Amamiya, um novo aluno transferido da Academia Shujin, é enviado a Tóquio para morar com seu amigo da família, Sojiro Sakura, após ser injustamente colocado em liberdade condicional por defender uma mulher de agressão sexual. Enquanto estava a caminho de seu primeiro dia em sua nova escola, Ren percebe que um estranho aplicativo apareceu em seu telefone, transferindo-o para um mundo conhecido como Metaverso, que contém as "sombras" das pessoas: representações distorcidas de seu verdadeiro eu. No Metaverso, ele desperta sua Persona, um poder de dentro que lhe dá a força para lutar contra as sombras. Com a ajuda de alunos com problemas semelhantes, ele forma os Ladrões Fantasmas de Corações, tentando salvar as pessoas de seus desejos pecaminosos "tomando seus corações", fazendo com que os malfeitores se arrependam de suas ações e vire uma nova página. A reputação do grupo continua a crescer explosivamente, trazendo fama tanto positiva quanto negativa. No entanto, durante o auge de sua popularidade, Ren é capturado e levado sob custódia. Aqui, ele acorda para um interrogatório severo, mas este é interrompido pela chegada de Sae Niijima - uma promotora em busca de respostas. Como ela reagirá à história dele e o que será dos Ladrões Fantasmas? [Escrito por MAL Rewrite]